3ans après la 4ème Grande Guerre Mondiale. Les cinq grandes nations shinobi ont conservés leurs alliance et entretiennent amicalement leurs liens. Néanmoins, les autres villages ninjas voient ça comme une menace et essayent de s'approprier de nouveaux pouvoirs afin d'assurer leur souveraineté en tant que village shinobi de leur pays. Le monde ninja semblait mener à une paix durable suite à la défaite de Madara Uchiha et de l'Akatsuki contre l'Alliance Shinobi, mais cela était bien naïf. Des ninjas de l'ombre continuent de se venger, assassiner, et perpétuer ce cycle de la haine.
Il y a encore un long chemin à parcourir pour nos héros bien qu'ils aient avancé d'un grand pas vers la lumière. Même au sein des villages ninjas des cinq grandes nations, tous n'aspirent pas à taire leur ressentiments face aux ninjas des autres villages.
Zetsu recrute de nouveau déserteurs afin de reconstruire une nouvelle Akatsuki et préparer soigneusement à nouveau un plan pour ressusciter l'ancêtre des Uchiha. Peu à peu, la lune rouge réapparait à quelques endroits oubliés, des rumeurs remontant lentement mais sûrement aux oreilles des chef de village.
Uchiha Sasuke fut porté disparu après la guerre, ayant disparu peu après l'issu du combat sans aucune raison et sans laisser aucune trace. Personne ne sait où il est même ses plus proches. Naruto devint Hokage peu après la guerre avec Tsunade remplaçant les anciens conseillers mais il continue à chercher des pistes sur Sasuke afin de le retrouver. Les Kage demeurent les même bien qu'il soit possibles qu'Iwa prépare de nouvelles élections.