Au village caché de Konoha, les enfants sont entraînés, dès leur plus jeune âge, afin de devenir des ninjas. Le Hokage, protecteur et chef du village, est théoriquement le ninja le plus puissant.
Il y a de cela plusieurs années un démon renard à neuf queues, Kyûbi, entreprit la destruction du village de Konoha, mais le 4ème Hokage stoppa ce démon en le scellant dans le corps d'un nouveau né : Naruto Uzumaki. Avant de mourir, le maître ninja fit promettre aux habitants de ne rien dévoiler du sceau aux enfants du village. Ainsi Naruto devait pouvoir vivre normalement.
L'histoire commence vers la période de l'adolescence de Naruto. Orphelin et éternel farceur, il essaye à tout prix de devenir Hokage afin d'être reconnu par ses pairs dans son village. En effet, le démon scellé en lui à son insu a attisé la crainte et le mépris des autres villageois, qui avec le temps ont fini par assimiler le démon à Naruto.
Au cours de la première partie de cette série, le lecteur suit les aventures de Naruto Uzumaki et de ses compagnons, Sakura Haruno et Sasuke Uchiwa, au travers de leur entraînement au combat des diverses batailles qu'ils sont conduits à mener.
La seconde partie (en cours) se recentre autour de Naruto, 2 ans et demi plus tard : chacun des personnages a évolué, et la trame scénaristique se complexifie. Akatsuki,une organisation secrète, le recherche afin d'obtenir le pouvoir de kyûbi.
